Los primeros inicios del Qi Gong se ocultan entre las brumas de la antigüedad. El primer tipo de esta práctica probablemente surgió de forma natural en los sencillos campos de la antigua China. Los campesinos de ritmo lento, profundamente sintonizados con los ritmos de la naturaleza, observaban las formas en que se nutría la vida en las plantas y los animales, y luego, por una especie de arrastre, imitaban esos principios.
La historia documentada de lo que conocemos como Qi Gong se remonta aproximadamente a 2.500 años, pero los arqueólogos e historiadores chinos han encontrado referencias a técnicas similares al Qi Gong desde hace al menos 5.000 años. A lo largo de los siglos, el qigong ha tenido un desarrollo evolutivo continuo y muchos nombres. El nombre “qigong” no fue de uso generalizado hasta el siglo XX. El primer nombre más utilizado era dao-yin, que puede interpretarse como “dirigir y guiar la energía”.
Los primeros movimientos conocidos del qigong eran danzas de animales, quizá realizadas por primera vez para contrarrestar los efectos de un clima frío y húmedo. Los antiguos chamanes chinos, que solían llevar una piel de oso con cuatro ojos dorados en la cabeza, bailaban por el pueblo para ahuyentar la peste y los demonios. A continuación se celebraba un desfile de aldeanos con máscaras de diversos animales. Estas danzas con posturas de animales se han encontrado representadas en el arte rupestre de toda China. Además, los arqueólogos descubrieron un ataúd que contenía un panel de seda bien conservado, ahora famoso, con leyendas e imágenes.
Alrededor del año 1122 a.C., el Libro del Cambio (I Ching) registró por primera vez el concepto de qi o energía vital. El estudio de la relación de los tres poderes -el cielo, la tierra y el hombre- fue un primer paso en el desarrollo del Qi Gong. Alrededor del año 450 a.C., Lao Tzu, el fundador del taoísmo, describió las técnicas de respiración en su libro Dao De Jing, recomendando que la respiración se recogiera y se dejara descender en el cuerpo. El interés por la respiración y la fuerza vital (qi) se acentuó durante este periodo y se convirtió en una de las raíces de la medicina china, junto con los conceptos de yin y yang y los cinco elementos.
Las referencias históricas indican que las prácticas de Qi Gong eran habituales en las casas reales y aristocráticas desde la antigüedad. Huang Ti (El Emperador Amarillo) es considerado el creador de muchas prácticas de salud y longevidad relacionadas con el qigong. Sus discursos se recogieron en un texto llamado El Clásico de la Medicina Interna del Emperador Amarillo, que apareció por primera vez por escrito hacia el año 300 a.C. y que todavía se considera la biblia de la medicina china.
A partir del año 200 a.C. y hasta el 500 d.C., el budismo y las técnicas de meditación del yoga, que se habían practicado en la India durante miles de años, se introdujeron en China y fueron absorbidas por la cultura china. Estas técnicas, junto con la alquimia interna taoísta, trajeron una nueva era al Qi Gong, que empezó a practicarse a un nivel más profundo y de funcionamiento interno. Sin embargo, estas enseñanzas se mantuvieron en secreto por motivos religiosos y se transmitieron sólo a unos pocos discípulos especialmente elegidos en cada generación. Durante cientos de años, nunca se enseñaron a los profanos.
Aunque hay pruebas arqueológicas de que el dao-yin se combinaba a veces con ejercicios militares en una época anterior, fue alrededor del año 500 d.C. cuando un monje budista, Bodhidarma, llegó desde la India al templo Shaolin de China (donde se le llamaba Ta Mo). Se le atribuye la unificación de las ramas espiritual y marcial del Qi Gong, al enseñar a los monjes sedentarios enfermos a fortalecer sus cuerpos a través de los movimientos, al tiempo que enseñaba a los artistas marciales pugilistas a potenciar suavemente sus combates mediante prácticas internas y espirituales. Tras su muerte, los entrenamientos de Qi Gong para las artes marciales siguieron desarrollándose, ya que se hizo evidente que se podían obtener muchas ventajas con estos métodos. Estos también se mantuvieron en secreto para que los enemigos no pudieran utilizarlos para obtener también ventaja.
El secretismo en torno a las enseñanzas de Qi Gong dio lugar a miles de estilos diferentes. Cada familia o pueblo, cada grupo religioso o de artes marciales, en diferentes zonas de ese gran país, desarrolló sus prácticas por separado, para sus propios fines particulares, y las transmitió sólo de forma selectiva dentro de su propio linaje. Algunos ejemplos de estilos distintos son el Tai Chi, los Juegos de los Animales, las Ocho Piezas de Brocado, el Dragón Nadador, la Órbita Microcósmica y el Secreto de las Seis Sílabas.
Para la población en general, el qigong estaba dentro de la medicina tradicional china, donde muchos de los médicos famosos eran también maestros de Qi Gong. El Qi Gong era su tratamiento de elección, y si esa práctica no era suficiente para restablecer el equilibrio, el médico prescribía una fórmula de hierbas y/o acupuntura. Los maestros avanzados a veces utilizaban el qi “emitido” como un fuerte impulso para el campo energético del paciente. Con el paso de los años, el Qi Gong médico se convirtió en la vanguardia, proporcionando un desarrollo constante y una mayor sistematización de los métodos de qigong.